Wenn die Struktur Ordner-in-Ordner dynamisch ist würde ich mir ein CL stricken, welches den "Baum" abarbeitet, z.B. als ein "ChgAutJob" mit Parm "Ordner":

CMD CHGAUT '/*' absetzen
Ordner1 Inhalt ermitteln
Ordner1 Inhalt lesen
Ordner2 gefunden, ChgAutJob auf Ordner2 submitten
Ordner3 gefunden, ChgAutJob auf ordner3 submitten
u.s.w.