Soweit ich weiß nicht. F3/F12-Unterscheidung gibt es nur bei CMD-Aufrufen mit Prompt.
RUNQRY selbst wird ja nicht gepromptet.

Nun hängt es aber doch von der Art des Queries ab.
Ich denke es wird eine Datei oder ein Spool erstellt (nur Satzanzeige sollte eigentlich egal sein).
Dann kannst du ja den Inhalt der Datei (RTVMBRD) oder die Existenz des Spools (CHGSPLFA) prüfen.