Ich vermute, dass CPYTOIMPF ganz normale Leseroutinen verwendet und da erfolgt nun mal automatisch die Umwandlung.

Wenn man das per Programm macht, muss man die Felder explizit mit einer CCSID versehen.
Die reine automatische I/O-Definition (bei F-Bestimmungen) scheint da nicht zu reichen (ich habs mit V5R3 ausprobiert).

Mit embedded SQL kannst du die Felder manuell mit CCSID oder als externe Struktur definieren (wenn die externen Felder CCSID's haben), dies geht allerdings nur in SQLRPGLE.
Dann müsste es klappen.