Mit der AS/400 hast du da so gut wie keine Probleme.
Du kannst die Daten in fast beliebigen Formaten (CSV, Text, ODBC, mein Tool Upload/400 u.v.m.) auf die AS/400 schieben und dann einfach per Copy oder SQL in die Software übernehmen.
Voraussetzung ist natürlich die Kenntnis der Datenstrukturen und vor allem der Inhalte (Abhängigkeiten, fixe Kennzeichen, Verknüpfungen), also auch des Designs.

Grundsätzlich ist das kein Problem.

Aber hast du z.B. eine SAP-Anwendung ist das wieder nicht so einfach.

Es hängt also immer von der Anwendung ab und nicht von der Datenbank. Die ist DB2/400 und sicherlich mit anderen DB's (naja, nicht gerade MS-Access, DBase) vergleichbar.