Warum willst Du denn unbedingt den nativen Treiber benutzen ? Ich persönlich habe den noch nie verwendet, sondern immer nur den Toolbox-Treiber. Da kannst Du für das CCSID-65535-Problem die Option translate binary=true angeben. Dann werden die Zeichen gemäß der Job-CCSID konvertiert. Das würde dann z.B. folgendermaßen aussehen:

Code:
// Verbindung zur iSeries aufbauen
String is_driver = "com.ibm.as400.access.AS400JDBCDriver";
String is_url = "jdbc:as400://localhost;naming=SYSTEM;translate binary=true";
Class.forName(is_driver);
Connection connection = DriverManager.getConnection(is_url);
Gruß,
KM