Beim CPYTOSTMF muss die CCSID 1252 angegeben werden.
Des weiteren kann es ein Problem mit Zeilenschaltungen geben (CRLF), die zu einem anderen Aussehen führen können.

Ggf. muss die Satzlänge der PF mit 32K definiert werden um die Zeilenumbrüche korrekt hinzubekommen, vielleicht ist die Datei ja auch kleiner als 32K so dass nur 1 Satz entsteht.

Ein Problem sind dann eingebettete Grafiken, da diese durch CPYTOSTMF an der falschen Stelle CRLF erhalten.

Vielleicht musst du sogar C-Funktionen verwenden und das IFS selber lesen/schreiben um der CRLF-Problematik aus dem Weg zu gehen.