Shopsysteme bauen auf einer Datenbank auf, die leicht ansprechbar ist.
Ggf. gibt es hier integrierte Zugriffe wie in PHP mit MySQL, SQL-Server und Firebird, die die Programmierung eben erleichtern.

Für die DB2/400 muss dann meist ein externer Treiber eingesetzt werden, der dann natürlich wieder erhöhten Testaufwand bzw. Fehleranfälligkeit bedeutet.

Du musst also "nur" nach Shopsstemen schauen, die ihre SQL-Zugriffe in einer separaten Schicht (Layer) extrahiert haben und somit nicht von bestimmten Datenbanken abhängig sind.

Du musst dir allerdings auch darüber im klaren sein, dass es performanter ist das Shopsystem auf dem selben Rechner wie die DB laufen zu lassen.
Auf grund hoher zu erwarteter Transaktionsraten kann es da durchaus zu Netzwerkproblemen führen, wenn mehr als 1 System im Spiel ist (es gibt ja auch schnellere Datenverbindungen als Ethernet).

Daher ist die Existenz von Shopsystemen mit AS/400 als Hintergrund wohl eher selten zu erwarten, da sich wohl nicht viele Entwickler (wenn überhaupt) eine entsprechend dimensionierte AS/400 zu Testzwecken hinstellen können.