Automatisieren ist da eher schlecht.
Ausserdem gibt es gewisse Einschränkungen in MS-Access:

- Feldtypen
- Max. 2GB je MDB

Ansonsten geht das ganz einfach:
Generiere dir per "Systemsteuerung->Verwaltung->Datenquellen" eine ODBC-Verbindung zur AS/400.

In Access wählst du dann "Tabelle importieren->ODBC" und lädst die Tabellen einfach herunter.