Die SEQONLY-Meldungen kann man ignorieren, da dies nur als Hinweis gedacht ist.
Dateien, die für OUTPUT geöffent werden, werden von COBOL (und auch RPG) intern geblockt.
Auf Grund der genannten Bedingungen ist aber eine Blockung nicht möglich sondern satzweises Schreiben erforderlich.

Eine PF/LF mit Schlüssel sollte nie per EXTEND geöffnet werden, sondern ganz normal mit I-O.
EXTEND ist nur für tatsächlich sequentielle Dateien erforderlich !
Hinzufügen von Sätzen geht dann mit WRITE ... INVALID ...

Das Problem des Zeitfeldes hängt nicht an einer PF oder LF.

Wichtig ist einzig und allein, dass der Compiler bereits ein Zeitfeld erkennen muss (DATETIME!), da sonst die I-O's nicht korrekt verarbeitet werden.
Die Zeit "00:00:00" gilt zwar bei RPG als *LOVAL, ist aber eine gültige Zeit.

Du musst also im WDSC irgendwo dafür sorgen, dass als Compiler-Option DATETIME akzeptiert wird.

Ggf. mag ja nur der Editor diese "Process"-Anweisung nicht (SEU tut das).
Laut COBOL-Handbuch akzeptiert der Compiler auf jeden Fall diese Anweisung.

Beispiel für meinen Trigger:
process apost nostdtrunc norange datetime
varchar timestamp cvttodate
IDENTIFICATION DIVISION.
Program-Id. FUETRGAPC.
************************************************** ***
* Allgemeiner Trigger für APC-Dateien
************************************************** ***
ENVIRONMENT DIVISION.
CONFIGURATION SECTION.

SOURCE-COMPUTER. IBM-AS400.
OBJECT-COMPUTER. IBM-AS400.