jar's sind wie Verzeichnisse zu sehen.
Sie gehören also in den Classpath hinein:

java -classpath "/QIBM/ProdData/Java400/jdk14/bin:/Java/hello.jar" Hello

"Hello" wenn dies deine Main-Klasse ist.

Desgleichen gehören auch die Treiberkomponenten für den JDBC-Treiber in den classpath.

Ich mache z.B. eine Verbindung zu einer Oracle-DB mit:

"...:/Home/Fuerchau/Java/Driver/classes12.zip"

somit findet er den Treiber in der classes1.zip (auch hier wieder wie ein Verzeichnis).

Was die SSL-Verschlüsselung angeht, so bestimmt ggf. der SQL-Server, dass SSL nötig ist.
Hierfür sind bestimmt doch einige Konfigdateien in deiner Eclipse-Umgebung vorhanden, die du auch ggf. in dein Home-Verzeichnis auf der AS/400 kopieren musst.

Ohne SSL wird mit Sicherheit ein anderer Port für die Verbindung mit dem SQL-Server einzustellen sein.

Was die Geschwindigkeit angeht, so gibt es viele Faktoren.
Ich kann mit Java und SQL aus der AS/400 relativ schnell Daten lesen, das Schreiben nach Oracle dauert dafür etwas länger, so dass ich ca. 1000 Sätze pro Minute übertragen kann.
Hier könnte das Netz, die Leitung oder auch Oracle Schuld haben.

Die 60 Sekunden bis zum Abbruch liegen ggf. am ConnectionTimeout.