Um mit FTP zu arbeiten gehe ich immer folgenden weg:

1. mit "ls" die verfügbaren Dateien ermitteln
2. jede Datei einzeln holen
3. Bei Erfolg die Datei ggf. auf der Quelle löschen

Zugegeben, für jede Aktion erfolgt An- und Abmeldung, das ist aber relativ schnell.
Und (wie kuempi schon sagt) die Fehlerstati aus dem Log prüfen.

Sichere Übertragungen müssen mit dem Ziel vereinbart werden, was der denn so kann.
- Programmkommunikation (z.B. Java)
- Mailversand mit Automatisierung
- SQL
- u.v.m.