Um die Javaconsole auszuschalten musst du diese beim Starten der JVM umleiten.

Ggf. hilft hier ein
OVRDBF FILE(STDOUT) TOFILE(QPRINT)
OVRDBF FILE(STDERR) TOFILE(QPRINT)

Wenn das nicht hilft, da ja Java in einem eigenen Job gestartet wird musst du Ausgabeumleitungen einbauen.
Da ich Java nicht in RPG direkt starte sondern mit der QSH geht das in der Form:
QSH CMD('java ... >/dev/null 2>/dev/null')

Ggf. geht das auch irgendwie aus RPG.