Du schreibst, daß Du eine physiche und eine logische Datei im Query miteinander verknüpfst. Beide Dateien haben für die SQL-Engine anscheinend nichts miteinander zu tun, also keinen gemeinsamen Key. Und nach der Prüfung der zur Verfügung stehenden Indizes fällt der SQL-Engine nichts Besseres ein, als erstmal beide Dateien zu scannen und im Hauptspeicher das kartesiche Produkt aller zueinander passenden und nicht ausgeschlossenen Sätze zu bilden.

Wenn Du in SQL die Indizes bzw. besser die primary und foreign keys exakt definierst, gibt es eine kleine Chance, daß die SQL-Engine das ganze verstehen lernt. Oft ist es hilfreich, vor dem Query mal einen debug zu starten, und nach den dann erscheinenden Meldungen der SQL-Engine zu schauen, nachdem da Query einmal gelaufen ist.

Wenn immer nur sehr wenige Sätze von den 300 MB selektiert werden, ist es u.U. auch schneller, eine Correlation zwischen einem schnellen ersten Select (nur auf eine Datei) und einem JOIN unter Verwendung des foreign Keys zu definieren. Es ist aber nicht ganz so leicht, darauf zu kommen ...

Mit einer Stored Procedure kann man das natürlich auch in zwei Schritten erledigen, was übersichtlicher und nicht so schwer verständlich ist.