VM-Ware ist ja nur ein Virtualizer für mehrere Betriebssysteme/Umgebungen auf einer gemeinsamen Hardware.
Eigentlich dient diese nur zum Testen diverser Szenarien, kann aber durchaus auch zum Echtbetrieb verwendet werden.

Insbesonders zum Trennen diverser Softwareprodukte im Serverdienst, die sich mitunter (durch gemeinsame DLL's) durchaus schon mal behindern.

Im Echtbetrieb sollte man allerdings keine dynamischen virtuellen Platten verwenden sondern feste Zuordnungen von Platten oder Plattenbereichen, so dass nicht zur Laufzeit ständig Erweiterungen durchgeführt werden und diese dazu führen, dass starke Fragmentierung auftritt.
Windows kann diese nämlich nicht mehr defragmentieren (auf Grund der Größe), hierzu bedarfs dann professioneller Defragmenter.

Ansonsten:
IBM würde wohl die AS/400 empfehlen.
Vorteile: Keine physischen Plattenbegrenzungen auf eine einzelne Platte und die normale Datensicherheit.
Perfomrmance ? Kommt auf die verfügbare Hardware und erwartete Last an.
Auch die Administration einer AS/400 ist wohl einfacher als die diversen Windowsplattformen.

Gegen Linux spricht auch nichts, da dieses stabiler läuft als Windows.
Gegen Linux auf der AS/400 (Partition) spricht eigentlich auch nichts.

Ab V6R1 soll MySQL auch die AS/400-DB verwenden können, so dass man hier endlich eine gemeinsame Datenbasis ohne Export/Import verwenden kann.