Von der AS/400 aus gibts meist nur den DRDA-Zugriff zu anderen DB2-Datenbanken.
Für alle anderen Zugriffe empfielt sich Java mit entsprechenden Java-Treibern.

Die andere Möglichkeit besteht nur vom PC aus.
Man kann mittels ODBC/JDBC/NET auf die AS/400 zugreifen und je nach Verfügbarkeit auch auf Informix.

Inwieweit Informix verknüpfte Tabellen über ODBC/OLEDB wie SQL-Server unterstützt müsste man bei Informix nachfragen.

Ansonsten bleibt eben das gut alte PC-Transferprogramm:
- Lesen per ODBC/JDBC/OLEDB o.ä. von DB 1
- Schreiben per ODBC/JDBC/OLEDB o.ä. in DB 2