Das ist ganz normal, da die Format-ID bei SQL eben je System unterschiedlich berechnet wird, aber innerhalb des Systems immer gleich.
Welche Faktoren dafür relevant sind, kann man nicht erfahren.
2 identische Create Tables in unterschiedliche Lib's sind eben nicht die selben sondern allenfalls die gleichen Tabellen.
Da SQL diese Format-ID aber nicht benötigt ist das für SQL auch unerheblich.

Leider hast du Pech in ILE/RPG und native IO.
Entweder, du verwendest in deinem RPG eben SQL, dann hast du die Problem da nicht oder du verwendest eben LVLCHK(*NO), was nicht so emfehlenswert ist.
Die 3. Variante ist eben, du scheppst das Table-Objekt per SAVOBJ/RSTOBJ auf das Zielsystem mit, dann behält es auch die Format-ID.

Benötigst du zur Laufzeit das Objekt ggf. in anderen Lib's, dann eben per CRTDUPOBJ kopieren.