Da stellt sich mir nun die Frage, wie die Daten nun tatsächlich vorliegen.
Hast du hier ggf. mal ein Beispiel ?

Normalerweise würde ich ein Import-Programm entwickeln, dass die vorliegenden Daten interpretiert und gezielt in entsprechende DB-Tabellen kopiert, so dass die Anwendung sich damit nicht mehr rumschlagen muss und mit normalen SQL's die Zugriffe durchführt.