Was hat ausserdem eine Referenzdatei mit Query oder WebQuery zu tun ?
Die Referenz zieht bei der Erstellung der neuen Datei und alle Informationen, die benötigt werden, werdn kopiert.

Die Referenzdatei kann anschließend gelöscht werden (gibts z.B. auf dem Entwicklungs- nicht aber auf dem Anwender-rechner).

Und SQL kennt erst mal keine Probleme mit Join's (ausser denen, die eh mit PTF's behoben werden).

Was soll also WebQuery für Probleme mit Join's haben ?

Wenn du allerdings Mehr-Format-Join's meinst, dann hast du sicherlich recht.
Diese werden grundsätzlich nicht per SQL unterstützt!
Sind also eher ein gedankliches als ein SQL-Problem.