Dies geht tatsächlich nur über den Umweg ins IFS.
Per CPYTOSTMF/CPYTOIMPF kannst du als Ziel-CCSID die 1208 angeben.
Anschließend beim FTP die Datei aus dem IFS holen.

Alternativ kannst du eine PF (per DDS oder SQL) mit CCSID 1208 anlegen, deine Daten da hinein kopieren und diese dann per FTP abholen.

Bist du dir denn sicher, dass deine Quelle eine tschechische CCSID hat ?