Naja, du hattest ja geschrieben, dass du mit Native I/O arbeitest und nicht mit SQL.
Deshalb gibt es beim STRDBMON nicht viel zu sehen.

Hast du schon die Aktivität der Offene Dateien während der Ausführung beobachtet, ob, wieviel und wie schnell sich da was tut?
Daran könnte man eventuell erkennen ob er ab und zu längere Pausen macht, nur sehr langsam arbeitet oder einfach sehr viel zu arbeiten hat.