Egal ob du SQL oder eine Programm nimmst, schreiben musst du irgendwas.
Ein Programm ist da schon einfacher, da du hier Datenstrukturen vergleichen kannst, in SQL nur einzelne Felder.

Also im Prinzip folgendes:
Änderungen/Löschungen
lesen Datei1 in Struktur1
Chain Datei2 in Struktur2
%notfound => delete
struktur1 <> struktur2 => move Struktur2 nach Struktur1 und Update

Neu
Lesen Datei2
chain Datei1
&notfound => write Datei2