Gelöst-erst mal.
Sollte wer das gleiche Problem haben:
Da ich nicht alles komplett neu programmieren wollte habe ich mir erst mal die Java Sourcen von der AS/400 für diesen Webservice unter IFS-Root/www/WSSERVICE/webservices/services/NameService auf ein lokales Laufwerk kopiert (sind verständlich und ich finde die sehen nicht mal so schlecht aus). Projekt drüber erstellt, die NameWbservice.config angepasst und in den Classpath kopiert und eine Serverklasse dazugeschrieben. Dies dann als Webservice mit Zugriff auf die AS/400 lokal laufen lassen.
Siehe da die Antwortzeiten waren beim gleichen Service (nach der einmaligen Anmeldung von ca. 2 Sek.) bei nur 0,1 – 0,3 Sekunden.
Da eine 520 nicht soviel langsamer sein kann habe ich noch mal nach allgemeinen Tuning maßnahmen gesucht und unter WebSphere Application Server for iSeries Information Center -> Performance -> Tune Performance gefunden. Nach dem ich alle Punkte durch hatte, war mein erster Aufruf bei ca.3 Sek (erstes Laden-da dann persistent) danach bei 0,3-0,7 Sekunden, also ganz brauchbare Zeiten.
Im Endeffekt glaube ich, dass das Logging mein größtes Problem war.