Die Anwendung merkt von dem Index fast nichts.
Ein Index kostet nur Performance beim Schreiben und Löschen.
Da kommt es dann auf die Anzahl der Operationen an. Bei 10.000 und mehr Operationen pro Sekunde (gecached) merkt man das dann tatsächlich erst bei einer großen Anzahl.

Ich habe hier Dateien mit teilweise mehr als 50 Indizes (mit und ohne Select) ohne merkliche Einbuße.

Probleme gibt es nur dann, wenn die Dateistruktur geändert werden soll, dass dauert dann schon mal ein bisschen.