Es scheint keine native AFPDS-Unterstützung in Java zu geben, da dies zu ÁS/400-spezifisch ist.
Man kann da wohl nur PRTF's verwenden.
Bzgl. der AFP-Ressourcen (Grafiken, PAGSEG) gibts bzgl. Hosttransform leider nur Einschränkungen auf Schwarz/Weiß bzw. Graustufen. Zudem müssen PAGSEG's als Objekte vorhanden sein, dynamische Grafikausgaben sind nur mit Line/Box usw. möglich.

Eine Seitensteuerung bei PDF suchst du wahrscheinlich vergeblich.
Da musst du eher versuchen, Druckerdaten native in PDF einzubetten, so dass diese als Druckerdatnstrom gesendet werden.
Der Spooler ist da komplett außen vor, der dient nur zu Datenhaltung.
Das Problem bei solchen Sachen ist, dass diese PDF's dann nicht für jeden Drucker verwendbar sein werden.