Ich greife selber auch mit dem ODBC-Treiber von V5R4 auf ein System V6R1 ohne Probleme zu.
Nochmal: Der ODBC-treiber spielt da überhaupt keine Rolle!

Bzgl. IGNORE_DERIVED_INDEX begibt man sich ggf. auf die richtige Spur.
Durch die Änderung des Defaults und meistens der Nichtexistenz der QAQQINI in der QUSRSYS ergibt sich da schon mal das eine oder andere Problem.

QAQQINI per CRTDUPOBJ aus der QSYS in die QUSRSYS kopieren (Defaulteinstellung von CHGQRYA) und den Wert mal versuchsweise auf *YES ändern (per SQL-Update oder -Insert).