Hierfür musst du dir ein Hilfsfeld kalkulieren und diese dann sortieren:

with
xDaten as (
select ...
case
when Ankunft < Abfahrt
then Ankunft + 10000 -- wenn nur HHMM
else Ankunft
end as NeueAnkunft
from Myfile where ....)

select * from xDaten
order by ..., NeueAnkunft, ...