Nun ja, MS-Access muss ausgetrixt werden.
Sicherlich sollte beim Verknüpfen die PF gewählt werden, wenn dies möglich ist.
MS-Access prüft aber mit der ODBC-Funktion SQLStatistics die vorhandenen Indizes und bei älteren Versionen von MS-Access gabs sogar einen richtigen Crash bei mehr als 32 Indizes.

SQL ist es letztlich egal, ob man eine Abfrage auf eine PF oder LF macht, da immer die zugrundeliegende PF ermittelt und verwendet wird.
Dies gilt ebenso auch für Joins (nicht Multiformat).
Bei Joins und Select/Omit-LF's wird dein SQL intern dann etwas umgebaut und mit den Bedingungen ergänzt.

Übergibt man nun MS-Access eine LF zur Verknüpfung liefert SQLStatistics nur noch den eigenen Schlüssel, da eine LF keine Fremdschlüssel hat und MS-Access ist zufrieden.

Anschließende SQL's werden (s.o.) dann auf die PF umgeleitet und ggf. über andere LF's/Indizes optimiert.