Das Abfragezeitlimit hat damit nichts zu tun, dies wirkt nur während der Abfrage an sich.
Mir ist auch kein weiterer Timer bekannt, der nach 30 Minuten die Verbindung trennt o.ä.
Das scheint eher ein reines Access-Problem zu sein.
Da du sagst, dass die Comboboxen ihren Wert verlieren, scheint Access da irgendwas zu treiben.
Ggf. wird auch ein Ereignis ausgelöst, dass der aktuelle Datensatz geändert wurde und nicht mehr mit den angezeigten Werten übereinstimmt.

Was den konkurierenden Update angeht, so löst das Access auf etwas andere Art.
Wenn du auf einem Recordset den Update durchführst bzw. dies automatisch ausgelöst wird, kannst du über die Filter-Eigenschaft (adFilterError) feststellen, welche Sätze nicht geändert wurden und dem Bediener entsprechende Hinweise zu Korrektur anbieten.
Im Formular gibt es soweit ich weiß auch ein Error-Ereignis.

Wie die Lösung des Konfliktes dann aussehen soll, musst du halt mit deiner Anwendung abstimmen.

Hintergrund:
Ein Update wird bai Access bzgl. SQL so aufgelöst:

update mytable
set feld1=neu1, Feld2=neu2 ...
where feld1<>alt1 and feld2<>alt2 ...

Wie du siehst, wird der Update eben nur durchgeführt, wenn die alten Daten noch unverändert sind.