Wenn der verwendete (interne) User mit Kennwort niemandem bekannt ist und auch sonst keine Anmeldung möglich ist, reicht halt genau 1 AS/400-User.

Du kannst ja unter Windows eine Freigabe nur einem Laufwerk zuordnen.
Per Script also genau die Freigaben zuordnen, die für den aktuellen User möglich sind, an alles andere kommt er ja nicht dran.
Bei mehr als 20 Freigaben wirds halt mit den Buchstaben eng.

Arbeiten denn die User an der AS/400 nicht mit der Anwendung?

Übrigens:
Ein User mit eigener AS/400-Anmeldung könnte sich mit der Freigabe "root" verbinden und sich dann ein wenig durchhangeln.
Ggf. solltest du diese daher entfernen.


PS:
Per SingleSignon und ActiveDirectory kannst du die User automatisch mit einem Windows-Server synchronisieren so dass du hier Konfiguration halt sparst (halt nur noch Berechtigungslisten s.o.).

Über einen Windows-Server würde man sich ja da auch keine Gedanken machen, die User einrichten und die Freigaben berechtigen.