Da musst du leider die Namen entsprechend eindeutig machen:

create table neuetabelle as (
select
a.f1 as a_f1,
b.f1 as b_f1,
:
from mytable1 a
join mytable2 b on a.key=b.key ...
) with data

Eine andere Chance hast du da leider nicht.
Wenn du nur die Namen einer Tabelle umbenennen musst geaht das auch so:

select a.*, b.f1 as b_f1 ...