Du kannst vorher per "cd Serverpfad" bzw. "lcd clientpfad" in die verzeichnisse wechseln und dann das "put xxx" absetzen.

Fortsetzungszeilen gibt es leider nicht.

Allerdings kannst du als STDIN auch längere Dateien erstellen und bist nicht an eine SRC-PF gebunden:

crtpf myftppf rcdlen(1024)