Da musst du wohl mit ein wenig mehr Infos rüberkommen.
Welche API/COM's nutzt du?
Meinst du die 5250-API's?

Programme im Hintergrund (also ohne Desktop) auszuführen, die aber als Dialog konzipiert sind, gestaltet sich immer schwierig.

Für die 5250-Emulation gibt es eine Reihe von API's (siehe in der iSeries-Access Toolbox).