Greift ihr etwa per Freigabe auf eine QNTC-Verknüpfung zu?
Dies solltet Ihr auf jeden Fall lassen und direkt mit der Serverfreigabe verbinden.
Die AS/400 versucht sich nämlich mit dem aktuellen Benutzer lokal mit dem QNTC-Server, also ohne Domäne, zu verbinden, was meistens nicht funktioniert.
Funktionieren kann das nur mit Benutzern, die auf dem QNTC-server auch lokal registriert sind, ansonsten wartet die AS/400 da auf einen Timeout (mach mal auf der AS/400 einen mkdir '/QNTC/Server/Freigabe' mit einem nicht registrierten Benutzer, dann merkst du das schon).

Desweiteren ist die Suche von Windows sowieso sehr langsam, wenn man auch Inhalte von Dateien suchen lässt und nicht nur Namen.
Netzlaufwerke können nicht indiziert werden, deshalb werden alle Dateien gelesen und gescannt.

Auch die (in Windows meist versteckte) desktop.ini ist ein Problem. Der Eigner ist immer der Ersteller und Public ist *exclude, also dem ersten gehört diese Datei.
Ich weiß nicht, wie lange Windows da auf den Zugriff ggf. wartet, zumal wenn die Datei ggf. von einem anderen Benutzer gerade gesperrt ist, die AS/400 wartet da nämlich per default 1 Minute.

Wie man Windows das Erstellen der Desktop.ini auf Freigaben verbieten kann, weiß ich auch nicht, zu finden ist da erst mal nichts.
Die Alternative ist ggf. in den Verzeichnissen jeweils eine eigene desktop.ini mit Eigner QSECOFR und Puplic *exclude einzurichten, dann kann windows nicht drauf zugreifen, keine Sperre setzen und ignoriert diese vielleicht.