Meine kleinen Java-Progrämmchen (Vorlage übrigens von Dieter) mache ich auch mit Eclipse.
Man muss für die Generierung nur die richtige Javaversion einstellen (1.4, 1.5 oder was immer die AS/400 installiert hat), dann ist sogar das fertige Jar lauffähig.
Die Toolbox habe ich mir in den Exclipspfad gelegt und importiert, so dass ich über Eclipse sogar testen (debuggen) kann, was mit AS/400 zwar gehen soll, ausprobiert habe ich das aber noch nie.
Somit habe ich schon einige Progrämmchen mit kopieren zwischen AS/400-DB und einer Oracle-DB (JDBC-Treiber von Oracle) geschrieben, die schon lange problemlos (seit V5R4) im Einsatz sind und sogar Releasewechsel ohne Anpassungen überstanden haben.

Vorschlag also:
Lade die Toolbox auf den PC, importiere die jar in dein Projekt und du kannst alles per Eclipse erledigen.
Das fertige jar schiebst du ins IFS, schreibst ein kleines CLP drumrum für den Aufruf per JAVA-CMD.