Die Zeichenfolge am Anfang ist wahrscheinlich ein sogenannter "BOM", ein Byte Order Marker, den man bei UTF-8 eigentlich überhaupt nicht braucht, viele Leute aber trotzdem ausgeben (gut gemeint). Das ist für UTF-8 die Zeichenfolge x'EFBBBF'. Nachdem die Bank wusste, was das Problem ist, geben die das wahrscheinlich auch selber aus.
http://de.wikipedia.org/wiki/UTF-8#Byte_Order_Mark

Dieser BOM stört XML-SAX aber zum Glück nicht. Du musst es nicht entfernen. Extra ausprobiert.

Ein großes Ü ist in UTF-8 x'C39C'. Wenn das nach Deinen Änderungen noch immer so in der Datei steht, die CCSID 1208 hat, sollte das auch mit XML-SAX funktionieren. Ich habe erfolgreich eine Sanktionsdatei importiert, die nicht nur Umlaute, sondern auch arabische Namen in Originalschreibweise drin hat.

Du müsstest also nur die CCSID mit
PHP-Code:
CHGATR OBJ('/Dateiname')                                              
       
ATR(*CCSID)                                           
       
VALUE(1208
ändern.