Probier mal so.
Alle Kunden jeweils mit Anzahl ohne die "doppelten".
Das müßte auch in dem Fall gehen, der nie vorkommt.

SELECT DISTINCT KUNDE FROM (
SELECT COUNT(*) ANZAHL, KUNDE FROM FILE1 GROUP BY KUNDE UNION ALL
SELECT COUNT(*) ANZAHL, KUNDE FROM FILE2 GROUP BY KUNDE) AUSWAHL
GROUP BY ANZAHL, KUNDE HAVING COUNT(*)=1 ORDER BY KUNDE