Es gibt methoden, wie man ein PDF als "wasserzeichen" bzw. Formular an einen Drucker hochladen kann. Darüber könnte dann die as/400 seinen barcode drucken. Zumindest haben wir das vor x jahren mal so gehandhabt. Ist natürlich etwas kompliziert, aber wäre ggf. eine Alternative.
Ansonsten besorgst du dir die Dokumentation für PDF-Files und programmierst nen Parser. Das ist aber dann ganz hartes Brot.