Manche Programme legen sich gerne Arbeitsdatei (eigentlich vorrangig in %TEMP%) an.
%TEMP% liegt aber normalerweise auf der Systemplatte (meisten C.
Es kann aber auch andere Umgebungsvariablen (Start->Ausführen->CMD, Kommando SET) oder Programmeinstellungen geben, die ggf. auf "Arbeitsverzeichnisse" verweisen.
Die häufigsten Namen sind dann z.B. "~xxxx.tmp".
Beim Programmabsturz (Kill über Taskmanager o.ä.) schaffen es diese dann nicht mehr aufzuräumen.
Ggf. gibt es auch "Autosave's" mit beliebig vielen Versionen, so dass man sich die Platte eben zumüllt.
Auch Sourcecontrol-Systeme sind bei ungünstiger Konfiguration solche Kandidaten.
Ebenso auch gerne der Microsoft-SQL-Server, wenn Transaktionsjournale aufgehoben werden (die niemand mehr braucht). Dies führt schnell zu mehreren GB verschwendetem Platz.
Hier hilft halt nur eine Analyse der Platte, ggf. nach Dateigrößen sortiert.
Ich habe mir dafür mal das kostenlose Tool "Free Disk Analyser" heruntergeladen.