Lege auf der AS/400 mittels CREATE INDEX oder per CRTLF mit DDS einen Zugriffspfad an.
Wenn du dann einen "delete ... where ..." durchführst (Löschabfrage), wird dieser Zugriffspfad verwendet und das Löschen geht entsprechend schnell.

Siehe hierzu auch andere Beiträge zum Thema ODBC.