Du kannst natürlich eine LF erstellen und mit der PF in Access arbeiten.
Der SQL-Optimizer der AS/400 findet schon den besten Weg um performant zu arbeiten, will heißen, wenn ein günstiger Zugriffspfad vorhanden ist, wird dieser auch verwendet auch wenn er nicht UNIQUE ist.

Tipp am Rande:
Da Access nicht mehr als 32 Indizes verwalten kann (wird bei der Verknüpfung abgefragt), diese aber von Access gar nicht verwendet werden können, kannst du auch eine beliebige LF verknüpfen wenn die PF mehr als 32 LF's hat.

2. Für viele Abfragen kannst du auch eine SQL-Passthru-Abfrage erstellen, dann unterliegst du nicht den Beschränkungen von Access. Du kannst zwar keine graphische Unterstützung bekommen, aber direkte SQL-Befehle funktionieren (sogar sehr gut).
Parameter werden dann einfach als "?" definiert und sind über ihre Position anzusprechen, d.h., das 1. "?" ist Parameter(0), das 2. Parameter(1) usw.