Für Datenbanktabellen würde ich da SQuirreL nehmen (ist Open Source), der kann SQL Scripte mit insert Statements generieren und gegen eine andere Datenbank laufen lassen und Tabellen kopieren (auch zwischen Datenbanken verschiedener Hersteller). Falls das an JDBC Treibern für V4R4 zu scheitern droht, ich habe da noch eine Backlevel Sammlung. Falls das an den Repository Nickeligkeiten von DB2 scheitert, kann man das auch noch per QMQRY machen. Auf der Zielbüchse ein QMQRY mit select * from blablabla erstellen (mit RDBDIR der Quellbüchse) und dann Ausgabe in Dateim die automatisch erstellt wird.
Für Quelldateien geht FTP eigentlich ganz gut, mit oder ohen Frontends, die es auch Open Source gibt.

D*B