Notepad++ hat eine eigene Analyse-Funktion die die ersten paar KB analysiert.
Daraus resultiert dann seine Annahme der Codepage.
Ich habe da auch schon Probleme bekommen, dass Notepad++ ANSI annahm, die Daten aber UTF-8 waren. Die ersten UTF-8-Zeichen kamen erst hinter dem Analysebereich.
Im Menü kann man irgendwo die gesamte Datei noch mal analysieren lassen.
Auch die Analyse zwischen ANSI (1252) und OEM (850) ist da nicht so einfach.
Beim Speichern über Notepad++ kann man die Datei dann schnell zerstören.

Schau dir lieber per WRKLNK mal die Attribute auf der AS/400 an, die CCSID sagt dir den korrekten Inhalt.