Wenn man eine IFS-Freigabe mit dem Windowsexplorer öffnet greifen häufig mehrere Prozess und/oder Threads darauf zu.
Zuerst ist da der Virenscanner.
Da der Explorer das Verzeichnis auflistet, wird auf jedes Objekt zugegriffen.
Dieser Zugriff löst den OnAccess-Scan des Virenscanners aus, der nun mal das jeweilige Objekt komplett lesen muss. Je weniger Objekte vorhanden, desto schneller ist er fertig.
Die meisten Scanner können halt solche Verzeichnisse ausschließen.
Man fängt sich dadurch natürlich ein Risiko ein.
Ob und wie ggf. noch der Windows-Index-Service zur Suchoptimierung auch noch was tut weiß ich nicht.

Bei FTP gibt es das alles nicht, es findet kein zusätzlicher Zugriff statt.

Nun gibt es noch die ganzen Traffic-Optimierer, die je nach Port und Typ der Übertragung den Transfer auch noch begrenzen können (QualityOfService).

Zu letzterem bleibt nur wieder ein Vergleich:
Wie lange dauert der Copy auf einen Windows-Server?