So wie es für mich aussieht, geht mit dem Catch block der eigentliche Fehler verloren.
MessagingException kann vieles bedeuten.
Ich schätze, dass der Fehler von folgender Zeile geworfen wird:
PHP-Code:
Transport.send(message); 
Ist aber eben nur eine Vermutung.

Eventuell verwendet ihr nach dem Neustart eine andere Java Version wo es irgendwo Probleme gibt (Fehlende Module, Inkompatibilitäten mit Versionen, ...)

Mit WRKJVMJOB --> 5 kannst du dir die ganzen Umgebungen (Java Version, PATH usw.) anzeigen.

Ansonsten, den Source der JavaMail Klasse gibt es ja. Erweitere den Catch Block, dass er eine vernünftige Logausgabe macht und kompiliere diesen neu und dann testen.