Timeout beim Connect ist zuallererst Aufgabe des JDBC Treibers, der zur Verbindung an die remote Datenbank verwendet wird. Einstellbar ist das (falls der Treiber das unterstützt) per Connect String (oder per konfiguration zusätzlicher Parameter).

Der Timeout beim ArdGate wirkt nur, wenn der native Part neu genug ist; ist allerdings nicht unbedingt sauber (wenn dann doch noch Antworten vom Server kommen, kann das asynchron werden - mit krummen Effekten)
einstellbar ist der in global.properties
as400.timeout=xxx
wobei xxx = Anzahl sec. im default steht da -1 (entspricht warte bis Du schwarz wirst)

D*B