Das ist ein Windows-Thema, da Windows in der Taskleiste identische Anwendungen gruppiert.
Die Anwendung selber hat da keinen Einfluss drauf.
Was du probieren kannst ist, den ACS über 2 unterschiedliche Verzeichnisse zu starten, also quasi 2 Installationen vorzunehmen. Ggf. hält Windows diese dann auseinander.

Bei der klassischen 5250 ist das doch auch nicht anders und da hat sich auch niemand beschwert.
Wieso also jetzt?

Alternativ kannst du in der Taskleiste die Gruppierung aufheben. Dies ist aber eine generelle Einstellung und betrifft eben alle Anwendungen. Z.B. 5 Worddokumente werden dann nebeneinander dargestellt. Die Taskleiste kann dann schnell unübersichtlich werden.