Nur weil ein unbehobener Fehler mal irgendwann knallt kann man das nicht dem OS/400 vorwerfen.
Außerdem kann dich ja niemand hindern, unter "/Home/MyUser" auch ein Verzeichnis "QSYS.LIB" anzulegen. Der Name ist doch nicht geschützt sondern nur das IFS "/QSYS.LIB". Ein eigenes "/Home/MyUser/QSYS.LIB" ist dem System herzlich egal.