Nun, wenn du unbedingt eine BAT benötigst.
Alternativ kannst du ja auch eine VBS-Datei erstellen, die erzeugt keine DOS-Box.
Und FTP zu jedem PC setzt voraus:
- einen FTP-Server bei jedem User (dies ist nicht standard)
- Kenntnis von User und Kennwort
- funktioniert nicht bei Remote-PC's über VPN

Aber wenn das doch ein generelles Thema ist, kannst du dir ja für die PC's ein kleines Programm stricken (lassen), dass z.B. auf eine DTAQ "horcht" und darin auftauchende Befehle zur Ausführung bringt.
Es gibt da sicherlich viele Methoden und Möglichkeiten, wobei eben der VBS-Weg nicht so der schlechteste ist.

Ein Anmeldescript im Intranet (Domäne) muss doch sowieso zentral vorliegen.
Wo ist dann das Problem, dann den "net use u:" dort mit einzubauen und generell dieses Laufwerk als vertrauenswürdig einzustufen?

Du kannst ja auch eine VBS-Datei auf jedem PC installieren und dieser dann Parameter übergeben:
STRPCCMD PCCMD('C:\MyVbFile.vbs P1 P2 ...')