Da das Kopieren nun mal eine Zeit dauert, darf das Zielobjekt währenddessen nicht gelöscht werden.
Ggf. ist ein Verarbeitungsprogramm auf dem Server aktiv, dass deine Dateien weiter verarbeitet und hinterher löscht. Hier könnte das Problem liegen.
Versuche mal, den Copy auf einen temporären Namen (Ziel.tmp) mit einem anschließenden Rename.
Dies setzt natürlich voraus, dass auf dem Zielverzeichnis nicht alle Dateien verarbeitet werden.