Alles was du zum Thema Java findest;-).
Die einzeige Ausnahme ist, dass du ausschließlich Hintergrundprozesses realisieren kannst, da es keine Verbindung zu einem Bildschirm gibt.
Für den Zugriff auf die Datenbank nimmst du JDBC, also SQL. Dafür gibt es dann die Java-Toolbox direkt von der AS/400 oder JTOpen http://jt400.sourceforge.net/.
Welchen Level du verwenden kannst, hängt von der JVM auf der Maschine ab, da man die JVM der AS/400 benötigt (Version, 32/64-Bit).
Statt QSH/QSHELL gibt es noch den Direktaufruf RUNJVA als Kommando.
Der bietet per F1-Hilfe alles was du brauchst. Den Rest machst du ja sowieso in Java bzw. im JAR-Archiv auch ggf. bzgl. Classpath.
Hintergrund:
Für die QSH wird ein Paralleljob gestartet um die Shell auszuführen, der Java-Aufruf aus QSH erzeugt dann den Java-Job.
Den QSH-Job kann man sich sparen.